Archive for Marzec, 2012

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Biorąc pod uwagę sposób powielania informacji genetycznej, podstawą replikacji jest komplementarność zasad azotowych w powstającej dwuniciowej cząsteczce DNA. Jednak różnice w energii swobodnej dla wiązań wodorowych tworzonych między prawidłowo i nieprawidłowo sparowanymi zasadami azotowymi nie są duże, toteż wierność wynikająca z preferencji zasady komplementarnej nad przypadkową jest niewielka: wyraża się jednym błędem na 103 włączonych nukleotydów. Niektóre polimerazy DNA, opierające wierność syntezy DNA tylko na chemicznym parowaniu zasad, charakteryzują się taką dużą częstością błędów. W wypadku niektórych wirusów, mnożących się z dużą szybkością i narażonych na częste zagrożenia ze strony środowiska, mała wierność replikacji i wynikająca z niej duża zmienność  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Biorąc pod uwagę sposób powielania informacji genetycznej, podstawą replikacji jest komplementarność zasad azotowych w powstającej dwuniciowej cząsteczce DNA. Jednak różnice w energii swobodnej dla wiązań wodorowych tworzonych między prawidłowo i nieprawidłowo sparowanymi zasadami azotowymi nie są duże, toteż wierność wynikająca z preferencji zasady komplementarnej nad przypadkową jest niewielka: wyraża się jednym błędem na 103 włączonych nukleotydów. Niektóre polimerazy DNA, opierające wierność syntezy DNA tylko na chemicznym parowaniu zasad, charakteryzują się taką dużą częstością błędów. W wypadku niektórych wirusów, mnożących się z dużą szybkością i narażonych na częste zagrożenia ze strony środowiska, mała wierność replikacji i wynikająca z niej duża zmienność  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Replikacja liniowych cząsteczek DNA wiąże się z poważnymi problemami, które nie występują w kolistych cząsteczkach. Replikacja zaczyna się bowiem od syntezy krótkiego primera RNA, który następnie jest wycinany i wypełniany fragmentem nici DNA. W wypadku kolistych cząsteczek DNA polimeraza wypełniająca lukę nie ma problemu z rozpoczęciem syntezy, bowiem przed wyciętym primerem zawsze znajduje się koniec poprzedniego fragmentu Okazaki, od którego można rozpocząć syntezę DNA. Inaczej jest w wypadku linowych cząsteczek DNA. Maszyneria replikacyjna działająca według opisanego wyżej schematu nie może odtworzyć odcinków DNA w miejscu wyciętego primera, który znajdował się na końcach 5′ zsyntetyzowanych nici. W efekcie końce liniowego chromosomu,  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Rekombinacją nazywa się wymianę lub przeniesienie informacji między cząsteczkami DNA. Podstawową rola rekombinacji jest usuwanie dwuniciowych pęknięć w cząsteczkach DNA. Poza tym rekombinacja odgrywa ważną rolę w generowaniu nowych kombinacji alleli. utrzymaniu stabilności genomu, a także w zachowaniu telomerów. Ze względu na podobieństwo cząsteczek DNA podlegających rekombinacji wyróżnia się dwa rodzaje tego procesu. Rekombinacja homologiczna (ang. homologous recombination – HR) ma miejsce wówczas, gdy rekombinujące cząsteczki mają identyczną lub bardzo podobną sekwencję nu-kleotydową. Rekombinacja niehomologiczna (ang. nonhomologous recombination or end joining – NHEJ) zachodzi przy niewielkiej homologii oddziałujących ze sobą cząsteczek lub przy jej całkowitym braku. Rekombinacja genów podczas rozmnażania  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

W aminoacylo-tRNA zmieniają znaczenie kodonów Podstawowym elementem dla odczytania kodu genetycznego jest aminoacylacja właściwego tRNA przez swoisty aminokwas. Zgodnie z tym należy się spodziewać, że w komórce występuje zawsze dwadzieścia różnych syntetaz aminoacylo-tRNA, rozpoznających swoiście każdy z aminokwasów wchodzących w skład białka. Rzeczywiście tak jest w przypadku podstawowych organizmów modelowych (E. coli, drożdże, człowiek). W ciągu ostatniego dziesięciolecia poznano pełne sekwencje genomowe wielu (ponad 200) bakterii eukariotycznych. Okazało się, że większość prokariotów i organelli nie ma pełnego zestawu syntetaz. Zwykle brakuje syntetaz glutaminylo-tRNA i asparaginylo-tRNA. Ich funkcję spełniają syntetazy kwasu glutaminowego i asparaginowego, z dużą częstością błędnie aminoacylujące tRNA kwasem  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

DNA telomerów składa się z wielu powtórzeń krótkiej, kilkunukleotydowej sekwencji. W komórkach ssaków jest to sześcionukleotydowy motyw TTAGGG. Podobne sekwencje występują w telomerach innych eukariotów: TTACAGG u drożdży Schizosaccharomycespombe, TTAGGC u Caenorhabditis elegans u roślin. Niekanoniczny motyw oparty na powtórzeniach TG mają drożdże S. cerevisiae. Długość telomerów różni się znacznie: ludzkie telomery mają od 5 do 30 kpz, natomiast telomery myszy mogą mieć długość do 150 kpz. Telomerowy DNA jest miejscem swoistego wiązania wielu białek. Bezpośrednio z DNA wiążą się dwa białka hamujące wydłużanie się telomerów, TRF1 i TRF2, białko Potl, także biorące udział w regulacji długości telomerów, oraz telomeraza,  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Długość telomerów może się zmieniać dzięki kilku różnym mechanizmom: rekombinacji, działaniu egzonukleaz lub delecji. Jednak najpowszechniejszym mechanizmem jest wydłużanie telomerów przez rybonukleoproteinowy enzym -telomerazę. Telomeraza jest zbudowana z dwóch składników: odwrotnej transkryptazy oraz RNA zawierającego odcinek służący jako matryca dla powtórzeń telomerowego DNA. Białko odwrotnej transktyptazy jest zasocjowane z innymi białkami, których obecność in vivo jest konieczna dla prawidłowego zachowania telomerów. W wypadku ludzkiej odwrotnej transkryptazy (hTERT) są to białka oraz dyskeryna. Działanie telomerazy polega na wydłużaniu jednoniciowego odcinka DNA bogatego w G. RNA będący składnikiem telomerazy zawiera odcinek komplementarny do tego odcinka. Wykorzystując RNA jako matrycę odwrotna transkryptaza wielokrotnie  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Czynniki, które zwiększają częstość mutacji, nazywają się czynnikami mutagennymi lub mutagenami. Podstawowym sposobem działania mutagenów jest wprowadzanie uszkodzeń do DNA. Czynnikami mutagennymi są albo substancje wchodzące w reakcje chemiczne z DNA lub wbudowywane do DNA (czynniki chemiczne), albo promieniowanie prowadzące do zmian w strukturze DNA (czynniki fizyczne). Chemiczne mutageny wpływają na strukturę DNA na zasadzie kilku różnych mechanizmów. Mutagenami są substancje modyfikujące zasady azotowe, jak kwas azotowy, powodujący deaminację lub metanosulfonian metylu (MMS), wprowadzający grupę metylową. Kowalencyjne dołączenie grup alkilowych lub arylowych do zasad azotowych nazywa się czasem tworzeniem adduktów. Jednym ze związków chemicznych łatwo tworzących addukty jest znajdujący się  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Cząsteczki biorące udział w biosyntezie białka muszą więc zostać uporządkowane przestrzennie i wzajemnie ustawione w jedynych właściwych pozycjach, zapewniających zajście reakcji. Funkcję porządkującą spełniają rybosomy. Zbudowane są one z dwu podjednostek, zwanych cięższą (u bakterii stała sedymentacji 308) i lżejszą (tu stała sedymentacji SOS), łatwo dysocjujących i asocjujących. Chemicznie podjednostki rybosomowe są tworami nukleoproteinowymi, zbudowanymi z wielu białek i RNA rybosomowego. Na powierzchni tych organelli znajdują się odpowiednie miejsca wiążące, dopasowane kształtem do nici mRNA oraz aminoacylo-tRNA. Rybosomy wiążą te składniki na powierzchni, po czym rybosomowa synteza peptydylo-tRNA katalizuje syntezę wiązania peptydowego między dwoma kolejnymi resztami właściwie wybranych i ustawionych  [ Read More ]

Posted by admin On Marzec - 29 - 2012 Skomentuj

Poszukiwanie elementów struktury tRNA odpowiedzialnych za swoistość aminoacylacji przeprowadzili Ya-Ming Hou i Schimmel. Analizowali oni efekty zmian struktury trzech tRNA supresorowych E. coli – tRNA. Wszystkie trzy tRNA wywołują supresję mutacji amber. Układ doświadczalny polegał na analizie supresji mutacji amber w E. coli, prowadzącej do auksotrofii tryptofanowej. Wprowadzenie do komórki plazmidu niosącego alaninowy tRNA supresorowy przywracało zdolność wzrostu na pożywce bez tryptofanu; plazmidy niosące pozostałe supresory nie dawały tego efektu. Mutageneza kierunkowa genu tRNA supresorowego wskazała, że efekt supresji znika, gdy w cząsteczce tRNA zostanie zlikwidowana nietypowa para G3:U70, zlokalizowana w ramieniu aminokwasowym. Wiele innych zmian w różnych rejonach cząsteczki  [ Read More ]