Należy zdawać sobie sprawę z tego, że podany wyżej ogólny mechanizm działania rybosomu to schemat operacyjny, służący wprowadzeniu pojęć dotyczących cyklu translacji. W rzeczywistości, rybosom to jedna z bardziej złożonych „maszyn molekularnych” działających w komórce, szczegóły jej działania odsłonił niezwykły postęp w poznaniu struktury rybosomu dokonany w ostatnim dziesięcioleciu. Prace nad tym zagadnieniem toczą się w istocie od trzydziestu lat, przy czym w ciągu pierwszego dwudziestolecia postęp był związany ze stosowaniem coraz bardziej precyzyjnych technik mikroskopii elektronowej. Prowadzone tą techniką obserwacje oddziaływań powierzchni pojedynczego rybosomu z odpowiednimi szczególnie swoistymi przeciwciałami wyjaśniły lokalizację poszczególnych białek. Homogenne preparaty dawały syntetyczny obraz kształtu rybosomu w różnych stanach funkcjonalnych. Istotne też stało się obserwowanie w mikroskopii elektronowej stopniowo odpukiwanych rybosomów tracących kolejne białka. Takie seryjne obserwacje wskazały, iż o kształcie podjednostek rybosomu w zasadzie decyduje kształt rRNA. Struktury drugo- i trzeciorzędowe rRNA tworzą szkielet, inkrustowany białkami stabilizującymi strukturę kompleksu, przy czym każde białko zajmuje swoje własne miejsce wiążące w obrębie rdzenia RNA. Rybosomowy RNA nie jest jednak tylko elementem strukturotwórczym.